Het verhaal van The Scarlet Keys begint in Arkham met een reeks mysterieuze verdwijningen. Terwijl objecten, dieren en mensen verdwijnen, vervagen ze ook uit het geheugen van degenen die zijn achtergebleven. Alleen jij en je mede-onderzoekers herinneren ze je—althans, dat dacht je. Wanneer een raadselachtige brief arriveert, beweert de schrijver zich ook degenen te herinneren die verdwenen zijn. Dit markeert het begin van een epische reis die je over de hele wereld zal brengen en onder het kritische oog van de mysterieuze en dodelijke Rode Broederschap.
Wanneer we zeggen "over de hele wereld," bedoelen we dat letterlijk. De uitbreiding van de campagne The Scarlet Keys introduceert de allereerste volledig niet-lineaire campagne van het spel. Nadat het proloog is afgelopen, kies jij en je groep waar je hierna naartoe wilt, en waar je naartoe gaat bepaalt welk scenario je speelt. Dit betekent dat, met uitzondering van het proloog en de finale (die altijd respectievelijk eerst en als laatste plaatsvinden), alle scenario's in deze campagne in willekeurige volgorde kunnen worden ervaren. Je zult ze echter mogelijk niet allemaal in één speelsessie kunnen ervaren, aangezien een van de grootste bedreigingen in de campagne niet de Mythe is: het is tijd.
Er is nog nooit een campagne geweest voor Arkham Horror: The Card Game van deze omvang en dit bereik, en alleen jij en je mede-onderzoekers kunnen de wereld over reizen en de mysteries van The Scarlet Keys ontrafelen voordat het te laat is.